Até o final de 1920, vários clubes representavam a cidade de Monte Azul do Turvo, como era chamada até então. Dentre eles, um dos mais famosos foi o Imparcial Futebol Clube. Mas nenhum deles conseguia representar e atrair a totalidade da população.

Esse quadro só mudou em 28 de abril de 1920. Uma reunião entre algumas pessoas da cidade foi convocada para a criação de uma nova equipe. O objetivo era escolher um nome inquestionável e que sempre pudesse representar a cidade nas competições amadoras regionais que eram disputadas até então. Um dos fundadores do clube, José Cione, sugeriu Atlético Monte Azul, que logo foi aceito por todos os presentes.

A participação no Campeonato Paulista começou somente em 1950, poucos anos após o início da profissionalização dos clubes do interior. Porém, o Monte Azul ficou apenas três edições na Segunda Divisão, passando por um recesso que durou oito anos. Entre participações sem muito brilho nas competições estaduais e longos períodos de licenciamento da FPF, o clube só obteve uma boa sequência de participações a partir de 1990.

Não por acaso, quatro anos depois veio o primeiro título, de Campeão Paulista da Segunda Divisão da Série B1B. Com um rebaixamento seguido de um recesso de um ano, o Monte Azul só voltou a vencer um título em 2004, da Segunda Divisão da Série B1. Com isso, no ano seguinte, o clube passou a disputar a Série A3 do Campeonato Paulista.

Em 2007, terminou a competição em segundo lugar e garantiu o acesso à Série A2 do Estadual. Em 2008 e 2009 o Atlético Monte Azul disputou a série A2, sendo que em 2009 o clube realizou a maior campanha da história da divisão, fazendo uma participação impecável, conquistando o título da competição e garantindo vaga na Primeira Divisão do Campeonato Paulista em 2010.

O clube se orgulha de pertencer à cidade com a menor população de toda Primeira Divisão do Estadual, cerca de 20 mil habitantes. Com isso, o estádio homônimo ao nome do clube comporta mais da metade dos moradores do município. A capacidade atual é de 12 mil expectadores, com a ampliação em 2010 chegará a 15 mil lugares.